Dal 21 giugno 2014, data dell'avvio della collaborazione con la Marina Militare nell'ambito dell'Operazione Mare Nostrum, i dirigenti medici degli Uffici centrali e periferici del Ministero della Salute hanno partecipato alle attività di controllo sanitario su circa 15.000 migranti, recuperati in mare aperto dalle navi della Marina Militare o da altre navi mercantili in navigazione nel Mediterraneo e successivamente sbarcati in porti siciliani e calabresi, mentre continuano le ordinarie attività di vigilanza sanitaria transfrontaliera messe in atto dagli Uffici di Sanità Marittima del Ministero della salute in caso di arrivi di barconi direttamente sulle coste italiane.
Ordinariamente i medici del Ministero della Salute che partecipano all'Operazione Mare Nostrum sono presenti su tre navi a rotazione della Marina Militare, con turni della durata di una settimana circa. Alla data del 24 luglio 2014, 12 medici del Ministero della Salute si sono già imbarcati sulle navi militari effettuando anche, in situazioni di emergenza, trasbordi su altre unità sia della stessa Marina Militare che della Guardia Costiera.
A seconda dell'itinerario seguito dalle navi, i punti di imbarco e sbarco dei medici del Ministero della salute sono solitamente Augusta, Catania, Lampedusa, Pozzallo, Taranto, ovvero le località maggiormente interessate dai flussi migratori irregolari, oppure i porti militari in cui è possibile effettuare sbarchi in sicurezza.
Il Ministero della Salute sta valutando l'opportunità di prolungare fino alla fine di ottobre la propria partecipazione all'Operazione Mare Nostrum, inizialmente programmata per il periodo 21 giugno – 31 agosto 2014.
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